La cooperación entre Brasil y El Salvador es gestionada a través de la Comisión Mixta El Salvador Brasil, la cual es canalizada por la Agencia Brasileña de Cooperación (ABC). A partir de la suscripción del Convenio de Cooperación Técnica, Científica y Tecnológica (20/mayo/1986), se han realizado 7 reuniones de la Comisión Mixta. La 8ª Reunión se celebró en San Salvador, en julio de 2010.

En los últimos años se han firmado convenios de cooperación en áreas de  Desarrollo Agrario y Fortalecimiento de la Agricultura Familiar; Cooperación Técnica en el Área de Desarrollo Social; una Carta de Intenciones entre el Banco Nacional de Desarrollo Económico y Social del Brasil (BNDES) y el Banco Multisectorial de Inversiones (BMI) sobre el mecanismo de financiamiento del acuerdo en negociación sobre el préstamo para la renovación de la flota del transporte público de El Salvador; y los ajustes complementarios en las áreas de Seguridad Presidencial y del Sistema Nacional de Sangre y Hemoderivados.